Contaminación del suelo
Las plantas Bt (los maíces cuyo cultivo es tolerado por el Gobierno en España pertenecen a dos tipo de maíz Bt) producen una toxina insecticida llamada Bt , la cual se acumula en el suelo.
Desaparición de biodiversidad
La contaminación genética pone en peligro variedades y especies cultivadas tradicionalmente. El aumento del uso de productos químicos eliminan o afectan gravemente a la flora y a la fauna no objetivo.
El incremento del uso de pesticidas aumenta la contaminación química y crea resistencias
Con las plantas tolerantes a herbicidas, el agricultor usa mayores cantidades de agrotóxicos para acabar con las llamadas "malas hierbas". Hoy por hoy existen datos que demuestran que, debido a esto, se están utilizando muchos más pesticidas en los cultivos transgénicos que en los convencionales. Con la aparición de resistencias en los cultivos se necesitan pesticidas cada vez más fuertes
La presencia de glifosato (el herbicida asociado a la soja transgénica RR de Monsanto) en el suelo, en las aguas y en los alimentos es cada vez mayor.
En cuanto a las plantas Bt, no se ha verificado una reducción del uso de agroquímicos. Por el contrario, han aparecido plagas resistentes al Bt, ya que los organismos atacados por las toxinas de las plantas Bt se vuelven resistentes a esta toxina perdiendo su eficacia.
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